Flora e vegetazione

La particolare importanza della Riserva è dovuta alla presenza di specie (dette relitti glaciali), sia vegetali che animali, tipiche di zone assai fredde. 

Queste specie, presenti durante i periodi glaciali, si sono ritirate dalle zone appenniniche a seguito del progressivo aumento della temperatura, ma nella zona delle Agoraie hanno potuto conservarsi grazie alle particolari condizioni ambientali, quali lunghi periodi d'innevamento e la presenza di acque costantemente fredde anche d'estate.

 Oltre la metà delle specie palustri presenti hanno una distribuzione circumboreale (Trichophorum cespitosum - Lycopodiella inundata - Caltha palustris - Drosera rotundifolia - Rorippa islandica - Eriophorum angustifolium - Menianthes trifoliata - Potamogeton natans - Carex rostrata - Carex vescicaria), euro-asiatica (Sphagnum fuscum) o euro-siberiana (Potentilla erecta) - il che significa che nei paesi scandinavi o siberiani queste specie si possono trovare fino a latitudini superiori ai 70° N.

Le specie di maggiore interesse fitogeografico, perchè mai segnalate in altre zone dell'Appennino, sono: Lycopodiella inundata - Trichophorum cespitosum - Sphagnum fuscum e Sphagnum rubellum. Queste specie sono presenti contemporaneamente nel Lago Riondo, considerato pertanto il più interessante dal punto di vista fitosociologico.

Procedendo dalla parte centrale degli specchi d'acqua verso la periferia si può notare che la vegetazione palustre è disposta secondo una zonazione concentrica correlata alle diverse situazioni edafiche: alle associazioni di acque profonde seguono cinture vegetazionali tipiche di substrati impregnati d'acqua, cenosi legate a terreni più asciutti, fino ad arrivare alla cintura più esterna costituita da Nardus stricta. 
Vi è poi la vegetazione forestale, che per la verità non presenta spunti di particolare interesse. 

Si tratta di una faggeta piuttosto giovane, nella quale, come già accennato, sono presenti varie conifere introdotte dall'uomo in epoca recente.

 Negli ultimi anni è stato avviato un programma per la riduzione di tali specie, tra le quali spicca l'Abete rosso, al fine di ricondurre, per quanto possibile, la copertura forestale verso l'originaria composizione.